三明万寿岩遗址为2000年度全国十大考古新发现、第五批全国重点文物保护单位、全国百项大遗址之一，在我国旧石器考古中占有重要的地位。

1999年至2005年期间，三明市在中科院古脊椎动物与古人类研究所的指导下，先后三次对万寿岩遗址的灵峰洞、船帆洞及船帆洞支洞进行考古发掘，发掘面积400平方米，共出土2000余件动物化石标本、少量的骨角器和2000余件石制品。

经专家学者论证和年代测试，分别距今18.5万年、10万年和4.3-3万年。其化石组合“灵峰洞哺乳动物组合”、“龙井洞哺乳动物组合”、“船帆洞下文化层哺乳动物组合”、“船帆洞上文化层哺乳动物组合”等为出土的典型哺乳动物化石群组合，包括大熊猫、东方剑齿象、华南巨貘、中国犀牛、洞斑鬣狗等绝灭种动物化石和鹿、野猪、牛、豪猪、虎等现生种共计20余种哺乳动物化石，属我国南方地区典型的“大熊猫——东方剑齿象动物群”。万寿岩遗址出土的动物化石及组合的发现为研究我省古地理、古环境、古气候等提供了珍贵的实物资料。